Врачевание в асклепейонах сочетало эмпирические и магические приемы. Основными средствами лечения были: лекарственное врачевание, водолечение, гимнастические упражнения. Наряду с ними существовал ритуал энкомисис (греч. Enkoimesis) — кульминация обряда храмового врачевания (Lecos E.P., Peiitogalos G.E. Early and Late Asclepieia // Ancient and Popular Healing. — Athens-Helsinki, 1989. — P. 13-24.) (который неправильно переводится как "инкубация", или "инкубационный сон"). Проводился он в длинных крытых галереях вдоль стены храма — абатоне (греч. abaton), куда никто не мог войти без специального разрешения. Там больные вводились в состояние "искусственного сна" (состояние гипноза или экстаза), которое достигалось применением наркотиков или методов психологического воздействия. Ритуал сопровождался театральными пред ставлениями, явлением бога или его священной змеи и даже проведением хирургических операций (в Эпидавре и других асклепейонах найдено множество хирургических инструментов). Очень скоро ритуал Enkoimesis приобрел широкую популярность. Он привлекал множество пациентов и приносил колоссальные доходы асклепейонам.

После опустошаюшей чумы 430 г. до н.э., перед которой традиционная медицина оказалась бессильной, внимание к религии и магии усилилось. Священная змея из асклепейона в Эпидавре была торжественно перенесена в Афины, где на склонах Акрополя был заложен новый асклепейон, и культ Асклепия засиял с новой силой.

Однако, в просвещенных кругах Греции к ритуалу Enkoimesis относились весьма критически. Так, в комедии Аристофана "Плутос" (греч. Plutos — бог богатства), написанной в 388 г. до н.э., красноречиво рассказывается о многочисленных разочарованиях,связанных с этим ритуалом.

В древней Греции не было резкой границы между светской медициной и врачеванием в храмах. Об этом свидетельствуют памятники знаменитым светским врачевателям, воздвигнутые на территории асклепейонов, а также многочисленные свидетельства приглашения известных светских врачевателей в храмы в качестве "консультантов" по поводу трудных случаев заболеваний.

Храмовое врачевание унаследовало многие положительные приемы и гигиенические традиции эмпирического врачевания, которое возникло несравненно раньше религии. Греческая медицина вышла не из храмов: "в творениях Гомера, Гесиода, Пиндара и многих других поэтов и историков, — отмечал С.Г.Ков-нер, — мы находим многочисленные веские доказательства несомненного существования с незапамятных времен светской, естественной медицины, которую ее могущественная соперница, медицина храмов, не в состоянии была ни затмить, ни уничтожить" (Ковнер С.Г. История медицины: Медицина Востока, медицина в древней Греции. — Киев, 1878. — С. 145-146.).