Парацельс явился одним из основопо ложников опытного метода в науке. Он был одновременно и теоретиком и практиком: "Теория врача есть опыт. Никто не может стать врачом без науки и опыта", — утверждал он и порицал тех врачей, которые собственных знаний (особенно химических) не имели и прописывали лекарства "по книгам".

С Парацельса начинается кардинальная перестройка химии (т.е. алхимии того времени) в ее приложении к не: от поисков путей получения золота к приготовлению лекарств."Правы не те, кто говорят, что алхимия делает золото и серебро, но те, кто говорят, что она создает лекарства и направляет их против болезней", — считал Парацельс (Штрубе В. Пути развития химии: В 2 т.-Т. I.. — М.:Мир, 1984.— С. 204.). Его система врачевания основывалась на трёх элементах (или "принципах"): сере, ртути, сурьме (и их соединениях); болезнь понималась как нарушение их правильных соотношений. Вот почему врачи и аптекари эпохи Возрождения придавали столь важное значение лекарственным препаратам, содержащим серу, ртуть, сурьму и различные соли, и часто сами получали их из природных руд. Парацельс с гордостью писал, что он и его ученики "отдых в лаборатории имеют, пальцы в угли и отбросы и всякую грязь суют, а не в кольца золотые, и подобны кузнецам и угольщикам закопче-ным".

Широкое использование минералов при лечении болезней было новаторским для медицины эпохи Возрождения, ведь в древности и в период классического средневековья в Европе для лечения больных применяли почти исключительно средства, приготовленные из растений и частей животных. Парацельс успешно применял втирания ртути при лечении сифилиса и рекомендовал препараты, содержащие сурьму, как эффективные лекарственные средства. Неудивительно, что Парацельса, широко применявшего минералы, часто обвиняли в отравлении больных ядами. "А знаете ли вы, что есть яд? — возражал он. — Все есть яд, и все есть лекарство. Одна лишь доза делает вещество или ядом, или лекарством".

Он критиковал устаревшее учение о "четырех соках" организма, осуждал злоупотребления кровопусканием и слабительными "очищениями", столь популярные в средневековой Европе, и разработал свою классификацию факторов, влияющих на здоровье человека (лат. ens, entia), подразделив их на 5 видов:

1) естественные факторы, свойственные конституции каждого человека (лат. ens naturale);

2) яды и факторы, привносящие заражение (лат. ens veneni — в современном понимании — возбудители инфекций и отра вл я ющие вещества);