Посуда в царской аптеке была всевозможная: от серебряных чаш и золотых фляг с притертыми пробками до гжельской глиняной и стеклянной посуды. Для изготовления "алхимических сосудов" при аптеке был создан особый "стекляночный" завод — небольшая мануфактура, где работали 15 человек, основанная Юлием Койстом в 1634 г. недалеко от Москвы, близ деревни Духолино. Со временем спрос на аптечную посуду увеличивался, и в царствование Алексея Михайловича (1645-1676) был устроен второй стеклянный завод в деревне Измайлово.

Около 1620 г. на территории Кремля, в здании, где располагалась Государева аптека, был организован Аптекарский приказ. Первоначально он был задуман как придворное учреждение по управлению государевым врачебным и аптекарским делом (обеспечение лечебной помощью царя, его семьи и приближенных) и еще в начале XVIII столетия назывался "Ближний Государев Аптекарский Приказ". Достоверных сведений о времени его создания и первоначальном составе не сохранилось. Возможно, что начало Аптекарскому приказу было положено еще во времена Иоанна IV Грозного, когда при царском дворе была создана первая на Руси аптека (Аптекарский приказ // Энциклопедический словарь, составленный русскими учеными. — СПб., 1892. — С. 185-187.). Со временем функции его значительно расширились (см. ниже).

Работа в Государевой аптеке велась ежедневно с раннего утра до позднего вечера. В дни, когда болели члены царской семьи, аптекари должны были "дневать и ночевать" на службе. Назначение лекарств и их приготовление в аптеке были сопряжены с большими строгостями. Для выдачи лекарства требовалось назначение доктора и разрешение боярина, заведовавшего аптекой (а позднее — Аптекарским приказом). Лекарство, предназначенное для царя, предварительно пробовалось докторами, его прописавшими, аптекарями, его приготовившими, и, наконец, боярином, которому оно сдавалось для передачи "про Великого Государя". Принимая от царя рюмку с остатком лекарства, боярин был обязан "что в ней останется вылить на ладонь и выпить (Герман Ф.Л. Как лечились московские цари (Медико—исторический очерк). — Киев, 1895.)

Ритуал подачи лекарств во дворец отличался чрезвычайной тщательностью и роскошью: склянки, стопки и сумки, в которых отпускались лекарства, завязывались красным шелком и завертывались в белую широкую тафту. Во время походов и выездов царя врачи, сопровождавшие его, хранили лекарства в роскошных ящиках с инкрустацией.

Длительное время (почти в течение века) Государева аптека была единственной аптекой в Московском государстве и удовлетворяла лишь придворные нужды. Все население страны (народ, войско и даже бояре) пользовались услугами торговых рядов и лавок по продаже зелени, меда, солений, мяса, хозяйственных товаров и пр. (зелейные, медовые, соляные, мясные, москательные лавки и торговые ряды) (ЗмеевЛ.Ф. Чтения по врачебной истории России. — СПб., 1896. — С. 151.). Торговля "зельем" велась свободно. Государственной регламентации продажи лекарственных средств на Руси еще не было. Все это создавало предпосылки для злоупотребления сильнодействующими и ядовитыми веществами.