С развитием аптек расширялись и функции Аптекарского приказа. Во второй половине XVII в. В его ведение входило не только руководство аптеками, аптекарскими огородами и сбором лекарственного сырья, но также: приглашение на службу ко двору врачей (иноземных совместно с Посольским приказом, а впоследствии и отечественных), контроль за их работой и ее оплатой, подготовка и распределение врачей по должностям, проверка "докторских сказок" (историй болезней), снабжение войск медикаментами (с середины XVII в.) и организация некоторых карантинных мер, судебно-медицинское освидетельствование, собирание и хранение книг, подготовка российских лекарей (с 1654 г.). В круг дел Аптекарского приказа входили также заготовка и продажа водки, вина, пива и меда (что являлось одним из основных источников его финансирования).

Расширение сферы деятельности значительно увеличило бюджет Аптекарского приказа. В XVI в. и первой половине XVII в. все его расходы оплачивались из государственной казны. Еще в 1630 г. расход денег на "корм и жалование" докторам, лекарям, аптекарям и толмачам (переводчикам) составлял в сумме 905 р. В 1680 г. эта цифра достигла 4000 р.

Увеличивался и штат Аптекарского приказа. В 1631 г. в нем служили лишь 2 доктора, 5 лекарей, 1 аптекарь, I окулист, 2 толмача (переводчика) и 1 подьячий. Пятьдесят лет спустя, в 1681 г., в Аптекарском приказе служило уже более 80 человек, среди них 6 докторов, 4 аптекаря, 3 алхимиста, 10 лекарей-иноземцев, 21 русский лекарь, 38 учеников лекарского и костоправного дела. Кроме того, было 12 подьячих, огородников, толмачей и хозяйственных рабочих. Иноземные доктора (имевшие степень доктора медицины) по—прежнему пользовались особыми льготами и получали от государства весьма высокое жалование — 200-250 р. в год, а аптекари и лекари (т.е. хирурги) — 70-100 р. в год (Рихтер В. .M. История медицины в России: В 3 ч. - Ч. 2. — М., 1820.— С. 16-17.). В 1682 г. приход Аптекарского приказа (10130 р.) уже превышал его расход (9876 р.), причем значительная часть средств поступала от продажи лекарств.

В 1714 г. Петр I переименовал Ближний Государев Аптекарский приказ в Канцелярию Главнейшей аптеки и подчинил его архиатру, после чего функции этого учреждения вышли далеко за пределы царского двора.