Идея о живой природе заразного начала, уносившего тысячи (а во время крупных эпидемий и пандемий — миллионы) человеческих жизней, формировалась в течение тысячелетий. Эмпирические догадки о живом возбудителе высказывались в трудах Тита Лукреция Кара (95-55 гг. до н.э.), Плиния Старшего (23-75 гг. до н.э.), Галена (ок. 131 —ок.201 гг. н.э.),Ибн Сины (980-1037) и других выдающихся мыслителей прошлого.

Частые эпидемии повальных болезней в средневековой Европе способствовали накоплению сведений о путях заражения. Выдающимся обобщением достижений этого опыта явился классический труд итальянского ученого эпохи Возрождения Джироламо Фракасторо (1478-1553) "О контагии, контагиозных болезнях и лечении" (см. выше).

Создание первых оптических приборов в начале XVII в. открыло новую эру в истории микробиологии. А.ван Левенгук (см. выше) был первым исследователем, который обнаружил живые микроорганизмы и описал их в своем сочинении "Тайны природы, открытые Антонием Левенгуком" (1695). Тем не менее до обнаружения первых патогенных микроорганизмов и научно обоснованного метода борьбы с ними оставалось почти два столетия эмпирических поисков.

Важной вехой этого пути стали работы российского врача Д.С.Самойловича (см. ниже), который впервые высказал идею о специфичности чумы. Будучи убежденным, что чума вызывается "особым и совсем отменным существом", он пришел к идее предупреждения этой болезни посредством введения в организм ослабленного заразного начала.