Клиническая медицина, как и все естествознание нового времени, развивалась в условиях сложного взаимодействия различных философских течений. С одной стороны, утверждался механистический, метафизический материализм, с другой — сам механистический материализм того времени способствовал утверждению идеалистических представлений в ряде областей естествознания, в том числе и медицине. Опираясь на законы механики, механистический материализм был не в состоянии объяснить все многообразие и целостность живой природы и всего окружающего мира. Таким образом, возникла почва для виталистических (от лат. vitalis — жизненный) концепций, т.е. объяснения жизненных процессов сверхъестественными, непознаваемыми факторами, такими как "жизненная сила", порыв и т.п. Крупнейшими выразителями витализма того времени были известные медики: Георг-Эрнст фон Шталь (G.E. von Stahl, 1659-1734), сформулировавший теорию флогистона, и Самуэль Ганеманн (S.Hahnemann, 1755-1834) —основоположник гомеопатии.

Открытия в области естествознания, в частности, медико-биологических наук (патологической анатомии, гистологии, эмбриологии, микробиологии, физиологии) существенно ослабляли метафизические концепции в медицине и укрепляли позиции материализма. В то же время приверженцы материалистического направления XVIII в. (Ж.Ламетри, Ф.Г.Политковский и др.) в силу объективных причин сами продолжали оставаться на позициях механистического материализма. Время диалектического подхода еще не наступило.

В результате этого, клиническая медицина с большой инерцией осваивала достижения медико-биологических наук, вследствие чего имелся значительный разрыв между передовым мышлением естествоиспытателей, исходящих из экспериментального метода исследования, и мышлением врачей, которые до начала XIX в. практически не использовали в своей деятельности никаких инструментальных методов обследования больного. Все это вело к серьезному отставанию клинической медицины того времени от развивающегося естествознания.