К началу XIX в. в России было два высших медицинских учебных заведения: медицинский факультет Московского университета и Петербургская медико-хирургическая академия — два центра медицинской науки и формирования научных медицинских школ. В Московском университете разрабатывались главным образом вопросы общей патологии, терапии и физиологии. Медико-хирургическая академия занимала ведущее место в развитии отечественной анатомии, топографической анатомии и хирургии.

Развитие промышленного производства в стране в первой половине XIX в. обусловило значительное увеличение сети высших учебных заведений. К 60—м годам XIX в. в России было уже восемь университетов, в составе которых открывались и медицинские факультеты: в Дерпте (Юрьеве, ныне — Тарту, 1802), Вильно (1803), Казани (1804), Харькове (1805), Киеве (1841).

Согласно Университетскому уставу 1804 г., университеты пользовались правом автономии (выборность ректора, деканов, профессоров и т.п.). Некоторые университеты были проводниками передовых демократических идей, и правительство начало активную борьбу против свободолюбивых настроений в высших учебных заведениях страны.

В 1820 г. была назначена правительственная ревизия университетов. В Казанском учебном округе ее осуществлял попечитель округа М.Л.Магницкий, который устроил подлинный разгром Казанского университета. В результате было запрещено вскрытие трупов, закрыты анатомический театр и анатомический музей, все препараты были отпеты и похоронены по церковному обряду.

Вышедший при Николае I новый Университетский устав 1835 г. запретил автономию университетов и подчинил их власти попечителей, назначаемых царским правительством. После отмены крепостного права в России автономия университетов была восстановлена (1863). Однако в 1884 г. в условиях усиления политической реакции правительство вновь ее отменило. Несмотря на это университеты России и впредь оставались центрами свободомыслия и передовой науки.

Большой вклад в развитие естествознания и медицины внес профессор патологии и терапии Московского университета, философ—материалист Иустин Евдокимович Дядьковский (1784-1841). В то время, когда в некоторых странах Западной Европы процветали идеалистические натурфилософские концепции (F.W.J.Schelling), И.Е.Дядьковский исходил из реальности и познаваемости окружающего мира. Он был убежденным сторонником диалектических взглядов на природу. Развивая учение о болезни, он исходил из представлений о единстве и целостности организма и окружающей природы, признавал ведущую роль центральной нервной системы и, таким образом, явился выразителем раннего нервизма в российской науке. Его ученик и последователь физиолог И.Т.Глебов был учителем И.М.Сеченова.